Το Μουσείο έχει εμβαδόν 6.000 τετραγωνικών μέτρων και αποτελεί σημείο αναφοράς για την πόλη των Χανίων που αποκτά έναν πολύ ποιοτικό χώρο πολιτισμού. Εκτός από τους εκθεσιακούς χώρους διαθέτει χώρο συνεδρίων, υπερσύγχρονα εργαστήρια συντήρησης των εκθεμάτων, αναψυκτήριο και βοηθητικούς χώρους.

Σημειώνεται ότι το νέο Μουσείο θα είναι ανοιχτό καθημερινά, πλην Τρίτης, από τις 8 το πρωί έως τις 8 το βράδυ. Το Σαββατοκύριακο 16 και 17 Απριλίου η είσοδος στο Μουσείο θα είναι δωρεάν για όλο τον κόσμο. Τις υπόλοιπες ημέρες το εισιτήριο θα κοστίζει 6 ευρώ και το εκπτωτικό (για όσους δικαιούνται) 3 ευρώ.

Από τα 3.500 και πλέον αντικείμενα, τα 1.000 εκτίθενται για πρώτη φορά, ενώ στον πρώτο όροφο του επιβλητικού κτηρίου φιλοξενείται και η Συλλογή Κωνσταντίνου και Μαρίκας Μητσοτάκη. Η συλλογή περιήλθε στο ελληνικό κράτος τον Απρίλιο του 2000, ύστερα από γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, με την οποία έγινε η αποδοχή δωρεάς από τους κατόχους.

Το νέο Αρχαιολογικό Μουσείο των Χανίων -το παλαιό Αρχαιολογικό Μουσείο στον Άγιο Φραγκίσκο, επί της οδού Χάληδων στην Παλιά Πόλη, έκλεισε οριστικά τον Σεπτέμβριο του 2020- έχει χωροθετηθεί στην περιοχή της Χαλέπας, αποτελώντας ήδη ένα δυναμικό τοπόσημο για την πόλη.

Τα εκθέματα του Μουσείου ακολουθούν την πορεία μέσα στον χρόνο, που διαπερνά τους προϊστορικούς οικισμούς και τις πόλεις των ιστορικών χρόνων της περιφερειακής ενότητας των Χανίων, αναδεικνύοντας την κοινωνική και διοικητική οργάνωση, τη θρησκεία, το εμπόριο, την καθημερινή ζωή των κατοίκων τους. Διαρθρώνεται σε πέντε θεματικούς άξονες που παρουσιάζονται παράλληλα και με ψηφιακά μέσα.

Ο πρώτος άξονας αφορά στη γνωριμία με την ιστορία του μουσείου των Χανίων, ενώ ο δεύτερος εισάγει τον επισκέπτη στη νέα έκθεση μέσα από οπτικό και ψηφιακό υλικό καθώς και αρχαιολογικά ευρήματα, που αφορούν στο νέο μουσείο και στην αρχαιολογική έρευνα στην περιοχή των Χανίων, την ιστορία των ανασκαφών και τη θέση της Κρήτης στο ευρύτερο μεσογειακό περιβάλλον.

Οι άλλοι δύο θεματικοί άξονες, είναι και οι μεγαλύτεροι καθώς αφορούν στην προϊστορική και ιστορική περίοδο όπου παρουσιάζονται οι πολιτισμοί που αναπτύχθηκαν στην περιοχή των Χανίων από την προϊστορική περίοδο έως και τα όψιμα ρωμαϊκά χρόνια. Μάλιστα η γνωριμία του επισκέπτη με την ιστορία του τόπου, ξεκινά από την πρώτη παρουσία ανθρώπων στην Γαύδο της παλαιολιθικής εποχής.

Στους ίδιους άξονες αναπτύσσονται επιμέρους θεματικές ενότητες με ευρήματα από σπήλαια, προανακτορικούς οικισμούς, την Κυδωνία με το «Σφράγισμα του Ηγεμόνα» και τον καθημερινό βίο των Μινωιτών, το Ασκληπιείο της Λισσού.

Ο πέμπτος θεματικός άξονας αφορά σε ιδιωτικές συλλογές – δωρεές, μεταξύ των οποίων κυρίαρχη θέση έχει η συλλογή Κωνσταντίνου Μητσοτάκη, η οποία παρουσιάζεται ολόκληρη και όχι τμήμα της, όπως είχε γίνει στο παλαιό μουσείο της οδού Χάληδων, λόγω έλλειψης χώρου.

Το κτήριο του νέου Αρχαιολογικού Μουσείου ολοκληρώθηκε στο πλαίσιο του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Κρήτης – ΕΣΠΑ 2007-2013. Η οργάνωση της έκθεσης και ο εξοπλισμός των αποθηκών χρηματοδοτήθηκε με 3.300.00 ευρώ από το Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Κρήτης – ΕΣΠΑ 2014-2020, καθώς και από πόρους του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων του Υπουργείου Πολιτισμού και της Περιφέρειας Κρήτης, ο ρόλος της οποίας ήταν καθοριστικός για τη λειτουργία του Μουσείου.